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Depuis le décès de sa mère, Tohru Honda vit dans une tente. Sans le savoir, elle se trouve sur le terrain de Shigure Soma, l'oncle d'un garçon de son école, Yuki, dont la famille vit avec un lourd secret.

Tohru a découvert le secret des Somas. Bien décidée à faire la connaissance de Yuki et Kyo, elle promet de garder le secret. Mais la décision ne revient pas à Shigure, qui doit aller la permission au chef de famille pour qu'elle reste vivre avec eux.

En raison du festival culturel du lycée, la classe de Tohru doit réfléchir à ce qu'ils pourraient réaliser pour l'événement.

Tohru rencontre Kagura, une fille du clan Soma, elle aussi victime de la malédiction. Cette dernière chamboule le calme dans la maison de Shigure en exprimant ses sentiments envers Kyo.

Les travaux de rénovation de la maison de son grand-père étant finis, Tohru doit retourner vivre avec lui.

Lors du festival culturel du lycée, Tohru rencontre Momiji et Hatori Soma, deux autres membres des douze. Pendant ce temps, Uo et Hana se posent des questions sur la relation qu'entretient Tohru avec Yuki et Kyo.

Sur la demande de Hatori, Tohru se rend à la résidence principale de la famille Soma, sans le dire à Yuki et Kyo. Elle en apprend un peu plus sur le passé du médecin familial.

Le nouvel an approche. Alors que Shigure, Yuki et Kyo doivent aller à la résidence principale pour l'occasion, Tohru se prépare à passer son premier réveillon seule.

À l'occasion d'une course d'endurance au lycée, Kyo met au défi Yuki. Bien que celui-ci soit malade, il décide de la faire malgré tout. Sur le chemin, Yuki et Tohru croise Hatsuharu Soma.

Peu rassuré à l'approche de la Saint-Valentin, Kyo tente de fuir, mais Kagura l'en empêche. Kagura, Kyo, Yuki et Tohru se retrouve alors en double rendez-vous pour l'occasion.

Pour remercier Tohru de lui avoir offert des chocolats, Momiji invite Tohru à passer deux jours dans une station thermale de la famille Soma, accompagnée de Yuki et Kyo.

Momiji et Hatsuharu rentrent en seconde dans le même lycée que Tohru, Yuki et Kyo, désormais en première. L'arrivée des deux Somas ne passe pas inaperçue dans l'établissement. Tohru fait une rencontre surprenante.

Le grand frère de Yuki, Ayame, arrive chez Shigure. Il est lui aussi porteur de la malédiction des douze et ne se comporte pas du tout comme son frère, qui ne semble pas l'apprécier énormément. Lors d'un diner en tête-à-tête avec lui, Tohru en apprend un peu plus sur l'enfance de Yuki.

Cela fait bientôt un an que la mère de Tohru est décédée. Yuki décide d'accompagner Tohru, Uo et Hana visiter sa tombe, mais Kyo hésite. Momiji rend visite à Tohru sur son lieu de travail et lui parle de sa mère.

Shigure amène Tohru, Yuki, Kyo et Hatori dans une villa Soma au bord d'un lac. Mais la bonne humeur n'est pas au rendez-vous.

Uo et Hana décide d'acheter un cadeau à Tohru : un nouveau maillot de bain. Elles demandent à Yuki, Kyo et Shigure d'y participer. Lors de la sortie pour l'acheter, Uo raconte à Yuki et Kyo sa rencontre avec Tohru au collège, la fille de son idole.

Uo continue de raconter l'histoire de son amitié avec Tohru, mais décide de garder pour elle comment Kyoko, la mère de Tohru, l'a aidée à sortir de son gang.

Alors que Yuki et Tohru attendent que la pluie cesse pour rentrer chez eux, ils croisent Hatsuharu qui transporte Kisa, l'une des douze, transformée en tigre, qui a fugué de chez elle. Ils décident de la ramener chez Shigure.

Tohru rencontre Ritsu Soma. Ce dernier fait partie des douze maudits, le singe. Comme sa mère, la patronne de l'auberge des Somas, il a la facheuse tendance à s'excuser pour tout et rien, ce qui peut parfois causer des soucis.

Tohru croise le chemin de Hiro Soma, qui semble être jaloux de l'attention que Kisa porte à la jeune fille.

Le fan club de Yuki, membres du club du journal du lycée, veut faire un article sur les ondes d'Hanajima. Elles doivent venir l'interviewer chez elle. Mais Hanajima reste sur ses gardes, car les intentions des 3 jeunes filles pourraient être différentes de ce qu'elles prétendent.

Lorsqu'elle était plus jeune, Hanajima a beaucoup souffert de son pouvoir des ondes. Jusqu'à sa rencontre avec Tohru et Uo.

Malgré l'aide de Yuki, Tohru a obtenu une mauvaise note à l'un de ses examens. Comme elle déprime, elle ne réalise pas qu'elle est en train d'attraper un rhume. Elle réalise lors de son rétablissement qu'il y a encore bien des choses qu'elle ignore à propos des Somas.

Kazuma, le maître de Kyo et professeur de Karaté de la famille Soma, rend visite à son disciple. Mais la joie des retrouvailles disparaît quand Kazuma décide de révéler le secret de Kyo devant Tohru.

Le lendemain de la révélation sur la véritable forme de la malédiction du chat, Kazuma décide de partir de la maison de Shigure sans le dire à Kyo, mais ce dernier a quelque chose à lui avouer. Yuki semble triste et Tohru s'inquiète.

Il reste peu de temps avant le début des vacances d'été. Mokoto, la présidente du fan club de Yuki, est déterminée à savoir qui va travailler avec lui au sein du bureau des élèves. Yuki fait la connaissance de Machi Kuragi, trésorière du BDE, et Kakeru Manabe, son vice président.

Les élèves du lycée doivent remplir une fiche d'orientation avant leur départ en vacance, ce qui les poussent à se poser des questions sur leur avenir.

À la suite d'une visite de son frère chez Shigure, Yuki accepte d'aller visiter sa boutique, accompagnée de Tohru. Pendant que cette dernière se fait relooker par Mine Kuramae, l'assistante d'Ayame, les deux frères ont une discussion.

Pendant que Kyo, Tohru, Hanajima et Uo préparent leurs sorties pour un voyage scolaire à venir, Momiji fait interruption. Hatsuharu a complètement saccagé sa salle de classe, pour une raison inconnue. Il finit par se confier à Yuki : il s'est fait quitter par Isuzu Sohma, surnommée Rin.

Les vacances d'été ont enfin commencées ! Pendant que Momiji traine Tohru, Yuki, Kyo et Haru au centre commercial pour tester une maison hanté, Uo fait une rencontre spéciale à son travail.

Momiji a décidé que Tohru et une partie de la famille Sohma devaient passer quelques jours dans une des résidences secondaires de la famille au bord de la plage. Lors de la première journée, tout se passe plutôt bien jusqu'à ce que Kisa et Hiro se disputent. Shigure manigance quelque chose depuis chez lui.

Le groupe se réjouit du fait que la mère de Hiro est enceinte. Shigure arrive et leur apprend la venue de Akito, qui est bien décidé à troubler leur séjour et éloigner Tohru des Soma, plus particulièrement de Yuki pour qu'il lui revienne enfin.

Alors que Kagura tente de la convaincre de rejoindre les autres Sohma à la résidence secondaire, Rin décide de quitter sa maison. La mère de Kagura refuse que sa fille y aille, du fait de la présence d'Akito. Ce dernier cherche à voir de plus en plus les Sohma, sauf Kyo, qui passe ses journées avec Tohru à la plage. Tohru finit par rencontrer un autre membre des douze par un parfait hasard.

Finalement convoqué par Akito, Kyo lui rendra visite comme ordonné la vieille par Shigure, laissant Tohru seule.

Ce sont les derniers jours à la résidence secondare des Sohma. Akito est contraint de rentrer avant les autres pour une raison inconnue et décide de rendre visite à Torhu pour lui annoncer de nombreuses choses…

Tohru et les Sohma sont rentrés de vacances. Kagura enmène Kyo en rendez-vous et celui-ci souhaite lui parler de leur relation.

Mayuko, la prof principale de la classe de Tohru, doit garder la librairie de ses parents pendant quelques jours. Une visite de Shigure lui fait se rememorer des souvenirs du passé, lorsque Kana, Hatori Shigure et elle étaient encore amis.

Alors que l'école reprend, Yuki, le nouveau président du BDE, fait la connaissance des autres membres : Kakeru, le très énergétique vice président ; la discrète Machi, trésorière ; les secrétaires Naohito, colérique, et Kimi, extrêmement souriante et malicieuse.

Le grand-père de Tohru est à l'hôpital. Pendant ce temps, Yuki part à la recherche d'Isuzu pour comprendre ce qui la motive.

À l'école a lieu la réunion parents-professeurs pour discuter de l'avenir des élèves. Yuki demande à sa mère de venir.

Tohru ayant réalisé que l'homme pour lequel Arisa a des sentiments pourraient être Kureno Sohma, elle décide de s'introduire dans la résidence principale pour lui parler. Elle y croise alors la petite soeur de Momiji, qui l'observe secrètement.

La classe de Tohru part en voyage scolaire dans la ville de Kyoto.

Isuzu est décidée à lever la malédiction de Hatsuharu et part à la recherche de Shigure pour obtenir des informations. Mais ses recherches la plonge dans des souvenirs douloureux.

Après avoir fait un malaise, Isuzu passe la nuit dans la maison de Shigure, donnant la possibilité à Tohru de mieux la connaître.

Le festival du lycée approche. La classe de Tohru doit jouer une pièce de théâtre sur Cendrillon, mais Yuki refuse le rôle du Prince charmant car il est trop occupé avec le BDE. Kyo et Hanajima héritent des rôles principaux, tandis que Tohru, à la suite d'une manigance du fan-club de Yuki, doit jouer l'une des méchantes soeurs.

En parlant avec Kakeru, Yuki se rememore des douloureux souvenirs de son enfance, de ses premiers amis à l'extérieur de la résidence et de sa rencontre avec Tohru.

Yuki réalise la nature de ses sentiments envers Tohru. Pendant ce temps, les répétitions de la classe pour la pièce de Cendrillon sont chaotiques.

Le jour du festival est arrivé. La classe présente leur version de la pièce de Cendrillon, très loin de l'histoire originale.

La nouvelle année approche. Kyo et Tohru décident de passer le réveillon chez Kazuma, le maître de Kyo. Yuki, lui, a choisi d'aller passer un soir à la résidence. Il passe également un après-midi avec les membres du BDE et fait un peu plus connaissance de Machi.

Momiji a donné à Kureno le cadeau de Tohru. Il finit par le regarder et décide de lui avouer le secret que Akito lui a demandé de garder à tout prix : sa malédiction a été levée il y a plusieurs années. Il lui raconte également des souvenirs de son adolescence et la raison pour laquelle il est toujours lié à Akito.

Kureno raconte à Tohru tout ce qui le lie à Akito et qui l'empêche ainsi d'être avec Arisa. Pendant ce temps, Akito aperçoit Ren avec Hatori.

Tohru ne sait pas si elle doit révéler ce qu'elle a découvert aux autres ou si elle doit garder ça pour elle. Pendant ce temps, le lycée Kaibara prépare la cérémonie de remise des diplômes.

Machi est la cible d'une terrible rumeur, tandis que les élèves de terminale font tout pour déclarer leur flamme avant la cérémonie de remise des diplômes.

Tout le monde s'inquiète pour Isuzu, en particulier Hatsuharu. Kureno quant à lui, fait une découverte qui risque d'ébranler la famille Soma.

Momiji a beaucoup grandi entre la seconde et la première, mais son entourage a l'impression que ce n'est pas le seul changement qu'il a subi...

C'est bientôt l'anniversaire de la mort de Kyoko. L'occasion pour Kyo d'en apprendre davantage sur le passé de Tohru.

Ren décide de tout faire pour récupérer la boîte qu'Akito cachait si bien, mais tout ne pas se passer comme prévu...

Kyô révèle une partie de son passé que Tohru ignorait. Cela risque de changer le regard qu'elle porte sur lui.

Akito vient à la rencontre de Tohru tandis que Yuki cherche Kyo. Akito et Tohru parviendront-elles enfin à discuter à cœur ouvert ?

Arisa et Hana font la connaissance d'Akito, tandis que Yuki s'efforce à faire ouvrir les yeux de Kyô. Chacun décide ensuite quel chemin est le mieux à emprunter.

Kyô parvient enfin à rattraper Tohru pour mettre les choses au clair avec elle. Tohru nous révèle aussi comment la divinité en est venue à se lier avec les animaux du zodiaque.

Yuki part rejoindre Machi suite à son appel, et Akito décide de réunir tous les signes du zodiaque pour faire une annonce importante.

Tohru et tous les Soma se préparent à prendre des chemins différents et à vivre un nouveau chapitre de leur vie.